알 수 없는 점, 표면일그러짐외 불린에 대해 여쭤볼께요.

안녕하세요.
엑스박스 모델링 하고 있습니다.  큐브로 본체와 앞부분을 따로 만들었구요.
이렇게 만들어진 케이스들은 익스트루드로 잡아당겨 두께를 조금 준 상태입니다.

1. 두 스샷에 노란 동그라미 안에 정체를 알 수 없는 점이 둥둥 떠있습니다.
저녀석의 정체를 모르겠습니다. 같은 녀석입니다.

2. 첫 스샷의 빨간 동그라미는 표면이 찌그러진 부분들입니다.
하이퍼넙스에 넣지 않고 작업하고 있는데 이 부분을 펼 수 있는 방법을 모르겠습니다.
길동님의 모델링강좌에서 본 아이언(아이롱???)으로 비벼보니 펴지는 것 같긴 한데,
문제는 주변에 파놓은 구멍들까지 모양이 조금씩 따라서 변해요. 이런 부분은 어떻게 해결하는지 궁금합니다.

3. 맨 오른쪽 동그라미도 문제인데요.
보시는 것 처럼 케이스에 두깨가 있습니다. 저 부분에는 스피어를 납작하게 찌그러뜨려서 저 위치에 놓은 후
본체로부터 불린으로 파냈습니다. 두께가 얇다보니 스피어가 케이스의 바깥 폴리곤과 안쪽 폴리곤을 모두
지나게 되는데, 그로 인해 구멍이 뚫리게 됩니다. 저 자리는 제 계획으론 막혀있어야 하거든요.
생각해본 결과 아래 그림처럼 편법으로 안쪽 폴리곤을 익스트루드로 당겨서 스피어와 닿지 않게 만들어서 해결은 했는데
이렇게 하는 것보다 좋은 방법이 있을 것 같습니다. 어떤 방법이 있는지요.

질문이 장황하고 많아서 죄송합니다. 답 하시기에 번거로우시면 저 문제를 해결하는 포인트는 어디에 있으니
찾아보라는 말씀만 주셔도 좋겠습니다. 읽어주셔서 감사합니다. 좋은 밤 되십시요.