리지드바디 버그가 있습니다.

두 씬의 차이는 버그가 있다고 말한 씬에서 클로너의 시작 위치만 다릅니다. 이것은 버그가 아니며 C4D XPBD기반 시뮬레이션 시스템의 계산 우선 순위에 따른 현상입니다.
시뮬레이션에는 충돌, 마찰, 질량, 가속등.....  많은 하위 계산이 있고 이들을 통합해 죄종 결과로 나타내야 하는데 실세계에서 동시다발적으로 일어나는 물리 현상과 달리
컴퓨터는 A결과---> B결과 ---> C결과 .... 처럼 순위 변경 또는 가중치를 두어 계산되어야만 합니다. 따라서 지금은 충돌에 문제가 크므로 충돌에 우선 순위를 배정하는 것이 좋은 상태입니다.

버그가 없다고한 씬에서 클로너의 최하단은(포인트 위치를 측정해 보니 Y:0cm)  바닥과(Y:0cm) 동일치한 위치에 있고 클론들도 간극이 없어 이동이 없는 것이나 마찬가지인 씬 입니다.
따라서 기본 시뮬레이션 셋팅으로도 충돌 계산에 문제가 없습니다. 대부분의 계산이 첫 프레임부터 필요 없고 충돌만 계산하면 되는 상황인 것 입니다.
반면, 버그가 있다는 씬은 바닥에서 떨어진 위치에 있습니다. 이제 강체가 적용된 클론들에 마찰 가속 충돌....등 많은 계산들이 발생하고 바닥과의 충돌 계산은 후순위가 됩니다.
이런 경우 충돌 계산에 더 우선 순위가 있도록 Scene Settings를 열고(Ctrl+D) Simulation탭 > Simulation하위탭 > Collision Prioity를  Colliders로 설정합니다.