지운면의 찌꺼기를 없애는 방법은 무엇인가요?

Atom Array효과를 발생하게 했는데요.
빨간 물체는 원래 흰색점들이 찍혀있는 부분까지 면들이 있던 물체입니다. 지울때는 면단위로 선택해서 지웠습니다.
그런데 깨끗하게 안지워졌는지 필요없는 부분까지 아톰효과가 발생합니다.
뭔가 작업순서가 안맞은건가요? 저걸 지울수 있는 방법은 무엇일까요?